J1939 ja NMEA 2000 põhinevad mõlemad CAN (Controller Area Network) siiniprotokollil ja jagavad palju sarnasusi, kuid neil on ka mõned olulised erinevused.
J1939 on raskeveokite ja tööstuslike rakenduste jaoks loodud protokoll, samas kui NMEA 2000 on spetsiaalselt mererakenduste jaoks loodud protokoll. Kuigi mõlemad protokollid kasutavad sama aluseks olevat CAN-siini tehnoloogiat, on edastatavate andmetüüpide, kasutatavate seadmete tüüpide ja võrkude konfigureerimise viiside osas mõned olulised erinevused.
Üks peamisi erinevusi on viis, kuidas seadmeid võrgus käsitletakse. J1939-s on igale seadmele määratud kordumatu aadress, samas kui NMEA 2000 puhul määratakse igale seadmele selle tüübi põhjal kordumatu identifikaator ja sõnumid saadetakse kindlat tüüpi seadmetele, mitte konkreetsetele aadressidele.
Teine erinevus on toetatavate sõnumite tüübid. J1939 toetab laia valikut sõnumitüüpe erinevat tüüpi andmete jaoks, samas kui NMEA 2000 keskendub peamiselt mereandmetele, nagu navigatsiooni-, mootori- ja ilmaandmed.
Lõpuks on erinevused kahe protokolli füüsilistes pistikutes ja kaablites. J1939 kasutab tavaliselt Deutsch-pistikuid ja tugevat kaablit, samas kui NMEA 2000 kasutab väiksemaid veekindlaid pistikuid ja õhemat kaablit, mis on mõeldud kasutamiseks merekeskkonnas.
